Bei der Proteinverdauung entsteht im Darm durch Desaminierung von Aminosäuren Ammoniak. Dieser gelangt via Portalblut in die Leber, wo er in Harnstoff eingebaut wird (Hauptweg für die Umwandlung von intestinalem Ammoniak in Harnstoff). Bei schweren Leberfunktionsstörungen (z.B. Shunt, Zirrhose) kann die Leber Ammoniak nicht mehr zu Harnstoff synthetisieren? als Folge findet man in Relation zum Kreatinin erniedrigte Harnstoffspiegel sowie einen Anstieg des Blutammoniaks. Ammoniak und andere Proteinmetaboliten (aromatische Aminosäuren), die dem Lebermetabolismus entgleiten, können die Funktion des ZNS beeinträchtigen (Hepatoenzephales Syndrom).